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廢水中常見的致病微生物有細菌、病毒、立克次氏體、原生動物和真菌等五種，部分高于原生動物的微生物，如線蟲也能致病。在生活污水及屠宰、生物制品、醫院、制革、洗毛等相關工業廢水中常含有這些能傳染各種疾病的致病微生物。

　　污水中致病微生物等含量較多的情況下需要對污水進行單獨的消毒處理，才能進行與其他污水一起的二級生化處理，預消毒可以減少消毒劑的試用量。因部分病原體在水中生長時間較長，其蟲卵用常規的消毒方法很難滅活。

　　處理方法：

消毒殺菌的方法有氧化法，如加入二氧化氯、臭氧等，或者石灰處理、紫外線照射、加熱處理、超聲波等。

另外使用超濾設備處理也可以除去水中大多數的細菌。就細菌、病毒的去除而言，臭氧氧化、紫外線照射等方法效果雖然很好，但處理后的水中沒有像余氯等的剩余消毒劑，無法防止微生物的再繁殖，通常需要進行二次加氯處理。